L'ammollo dei fagioli non li ammorbidirà. Se fatto per un tempo molto lungo (cioè, giorni), alcuni fagioli alla fine cominceranno a germogliare o a fermentare, a quel punto diventeranno più morbidi. Ma questo non è generalmente auspicabile per la cottura di base.
Invece, sarà necessario cuocere i fagioli per farli ammorbidire. Portarli a bollore lento e poi farli bollire lentamente fino a quando l'interno non avrà la consistenza desiderata. (Un test comune è quello di prendere alcuni fagioli su un cucchiaio e soffiare su di essi; se l'esterno del fagiolo si apre un po’ quando si soffia, è probabile che siano morbidi e cotti a fondo)
A proposito, lo scopo principale dell'ammollo è quello di idratare il mantello del seme (il rivestimento esterno dei fagioli). Una volta che ciò accade, l'umidità può penetrare più facilmente all'interno quando è cotto, permettendo ai fagioli di ammorbidirsi. Se non si mette a bagno, si sprecherà semplicemente la prima parte della cottura idratando il mantello dei semi. A seconda del tipo di fagioli, della loro età e di altri fattori che potrebbero aumentare il tempo di cottura da 15 minuti a un'ora circa. (Per maggiori dettagli, vedere la mia precedente risposta a un'altra domanda qui .)
Inoltre, NON provare a usare un acido. Gli acidi possono in realtà indurire il mantello dei semi, facendo sì che i fagioli impieghino più tempo a cuocere e ad ammorbidirsi. Questo è uno dei motivi per cui le ricette di peperoncino (per esempio) spesso raccomandano di cuocere i fagioli prima di aggiungerli agli ingredienti acidi come i pomodori.
(Si noti che i tempi di cottura di fagioli e lenticchie possono variare in modo significativo, a seconda del tipo di fagiolo e dell'età. Per una zuppa di fagioli misti, mi aspetterei circa 1-2 ore di cottura a fuoco lento per i fagioli già inzuppati, e forse anche 3 ore. I fagioli più vecchi possono richiedere più tempo, e occasionalmente ho mangiato vecchie partite di fagioli secchi che non si sono mai ammorbiditi fino a raggiungere una consistenza consistente)
EDIT: Giusto per aggiungere un altro grande consiglio di Joe del Dry Bean Council, Harold McGee ha questo da dire sui fagioli che non si ammorbidiscono mai (da On Food and Cooking):
fagioli “difficili da cuocere”. … sono normali quando vengono raccolti, ma diventano resistenti all'ammorbidimento quando vengono conservati a lungo - mesi - a temperature calde e umidità elevata. Questa resistenza è il risultato di una serie di cambiamenti nelle pareti cellulari dei fagioli e negli interni, tra cui la formazione di lignina legnosa, la conversione di composti fenolici in tannini che reticolano le proteine per formare un rivestimento resistente all'acqua intorno ai granuli di amido. **Non c'è modo di invertire questi cambiamenti e rendere i fagioli difficili da cuocere morbidi come i fagioli normali. Una volta cotti, è probabile che siano più piccoli del normale e quindi possono essere raccolti prima di essere serviti.
McGee menziona anche che occasionalmente si possono incontrare partite di fagioli “duri”, che si sono induriti durante condizioni di coltivazione particolarmente calde e umide. In questi casi, i fagioli saranno duri, non importa quanto presto vengano utilizzati; la cottura può richiedere molto più tempo del solito (e a volte non si ammorbidiscono mai).