Questo mi sembra un problema di lievito. La contaminazione da lievito selvatico può a volte verificarsi nei panifici dopo la cottura, e alcuni di essi possono produrre acetone (o odori simili). Il sale agisce anche come conservante nell'inibire la crescita in questo modo, quindi un pane senza sale può essere più incline a tale crescita.
Le note di acetone si trovano a volte in colture a lievito acido (di solito quelle che non stanno crescendo bene). Non mi sorprenderebbe anche trovare tali odori nei chicchi germogliati. Alcuni di questi odori possono rimanere nel pane anche dopo la cottura. Ed è possibile che gli strati esterni del pane abbiano eliminato questi odori durante la cottura, ma la roba degli strati interni si espande per diversi giorni dopo che il pane è stato insaccato. Se così fosse, però, mi aspetterei che il pane avesse anche un sapore strano, con note di acetone o di prodotti chimici organici.
Per quanto riguarda la sicurezza, è difficile dirlo. Nella maggior parte dei casi questo indicherebbe una contaminazione o almeno qualcosa di sbilanciato nella produzione del pane. Personalmente lo scarterei, e se incontrassi un'altra pagnotta dello stesso produttore con le stesse caratteristiche, prenderei in considerazione la possibilità di contattarli per vedere se possono spiegarlo (o, in caso contrario, che siano almeno consapevoli del problema).